Hạm đội 6 được tổ chức thành các lực lượng đặc nhiệm. Mỗi lực lượng đặc nhiệm có trách nhiệm với các nhiệm vụ đặc biệt. Khi các nhóm công kích triển khai đến Địa Trung Hải từ Đại Tây Dương, chúng đổi tư lệnh từ Hạm đội 2 sang Hạm đội 6. Khi chúng vượt qua Kênh đào Suez, chúng chuyển sang tư lệnh Hạm đội 5.

Lực lượng Đặc nhiệm 60

Hải đoàn Khu trục hạm 60 được thành lập như một hải đoàn khu trục hạm mới nhất của Hải quân Hoa Kỳ vào ngày 19 tháng 2 năm 2003 và có cảng nhà tại Gaeta, Ý. Sứ mệnh chính của hải đoàn 60 là tiến hành các chiến dịch chiến đấu lâu dài, chính xác, tức thời hoặc các chiến dịch không chiến đấu.

Để hoàn thành những sứ mệnh phức tạp này, Hải đoàn Khu trục hạm 60 đưa vào sử dụng các lực lượng nổi, tàu ngầm, phi cơ, biệt đoàn hải quân SEAL, Thủy quân lục chiến, những đơn vị khác và cùng với các lực lượng NATO được giao trách nhiệm trong vùng hoạt động của Hạm đội 6 để bảo đảm các đường hàng hải trong khu vực trách nhiệm của Bộ tư lệnh châu Âu của Hoa Kỳ luôn thông suốt.

Lực lượng Đặc nhiệm 60 là Lực lượng Chiến đấu của Hạm đội 6. Khi Nhóm Công kich Hàng không mẫu hạm chuyển vùng sang Địa Trung Hải, nó thường được đặt tên là Lực lượng Đặc nhiệm 60. Lực lượng Đặc nhiệm có thể bao gồm một hoặc hai hàng không mẫu hạm, mỗi mẫu hạm sẽ có một đội tàu tháp tùng khoảng 6 tuần dương hạm và khu trục hạm. Trên hàng không mẫu hạm là một không đoàn từ 65 đến 85 phi cơ. Không đoàn là bộ phận công kích chính yếu của Nhóm Công kích Hàng không mẫu hạm và gồm có các phi cơ thám thính, chống tàu ngầm, không chiến, tấn công. Các chiến hạm đi cùng với hàng không mẫu hạm phục vụ như các bệ tự vệ và tấn công với các công vụ bao gồm chiến tranh chống tàu ngầm, chống lực lượng nổi và phòng không. Ngoài vai trò chính là kiểm soát mặt biển, Nhóm Công kích cũng có thể bắn phá vào đất liền.

Lực lượng Đặc nhiệm 61

Lực lượng Đặc nhiệm 61 là Nhóm Trực chiến Đổ bộ Địa Trung Hải. Nó gồm có ba tàu đổ bộ và các tàu đổ bộ hạng nhẹ. Từ các tàu này, lực lượng bộ binh Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ có thể tiến vào bờ biển bằng đường biển và trên không trong các nhiệm vụ tấn công đổ bộ để di tản giải cứu khẩn cấp. Một khi đến bờ biển, các chiến hạm của Lực lượng Đặc nhiệm 61 sẽ hỗ trợ phía sau lực lượng bộ binh cho đến khi mục tiêu của cuộc đổ bộ hoàn thành và lực lượng Thủy quân lục chiến quay trở về các chiến hạm.

Lực lượng Đặc nhiệm 62

Lực lượng Đặc nhiệm 62 là lực lượng bộ binh sẵn sàng chiến đấu, gồm có Đơn vị Viễn chinh Thủy quân lục chiến với 1.800 binh sĩ. Đơn vị Viễn chinh Thủy quân lục chiến này được chuyên chở trên 61 tàu của Lực lượng Đặc nhiệm 61 với trang bị là thiết giáp, pháo binh và phi cơ trực thăng vận tải để giúp đơn vị tiến hành các chiến dịch trên bờ biển hoặc di tản dân sự trong các vùng biến động.

Lực lượng Đặc nhiệm 63

Lực lượng Đặc nhiệm 63 là Lực lượng Tiếp vận gồm các tàu chở nhiên liệu, thực phẩm dự phòng, sửa chữa. Nhiệm vụ của lực lượng này là giao các đồ tiếp liệu trên biển, và có thể sửa chữa các tàu khác cũng như các trang bị của hạm đội.

Lực lượng Đặc nhiệm 64

Lực lượng Đặc nhiệm 64 gồm có các tàu ngầm nguyên tử có trang bị các hỏa tiễn chiến thuật tầm xa. Cho đến cuối thập niên 1970, các tàu này có cảng nhà tại Căn cứ Hải quân Rota, Tây Ban Nha. Nhiệm vụ của nó là ngăn ngừa chiến lược.

Lực lượng Đặc nhiệm 67

Lực lượng Đặc nhiệm 67 bao gồm các phi cơ tuần tra biển có căn cứ trên bộ. Các phi cơ này hoạt động trên vùng biển của Địa Trung Hải trong các vai trò chống tàu ngầm, thám thính, thị sát và thả mìn.

Lực lượng Đặc nhiệm 68

Được thành lập ngày 17 tháng 3 năm 2005, Lực lượng Đặc nhiệm 68 chỉ huy các lực lượng bảo vệ lực lượng như các tiểu đoàn công binh, đơn vị gài mìn di động, lực lượng an ninh Thủy quân lục chiến, và các Đội Chống Khủng bố của Hạm đội.

Lực lượng Đặc nhiệm 66/69

Lực lượng Đặc nhiệm 66/69 có trách nhiệm lập kế hoạch và điều hợp các tàu ngầm trong vùng và các chiến dịch chiến tranh chống tàu ngầm trong Địa Trung Hải. Đặc biệt, Lực lượng Đặc nhiệm 69 bao gồm các tàu ngầm tấn công.